La mise en œuvre du PSFE présente l´opportunité de mettre en place une gestion concertée du secteur. Le montage institutionnel du PSFE traduit cette volonté tout en préservant le rôle de maître d´ouvrage de l´administration forestière dans la mise en œuvre de la politique forestière.
L´architecture du PSFE distingue : 

• le niveau national de pilotage du PSFE, 
• le niveau national de conduite de chaque composante, 
• le niveau provincial de mise en œuvre du PSFE. 

A chaque niveau, un comité de programme définit les orientations, les programmes et plans de travail annuel. Un maître d´œuvre est nommé responsable de la mise en œuvre de tout ou partie d´une composante.
L´exécution des activités est confiée à l´acteur désigné en fonction du partage des fonctions entre l´administration forestière, les opérateurs privés du secteur, les communautés et collectivités, les ONG et bureau d´études ainsi que les organismes de recherche et de formation.