La mission est placée sous la coordination  du Ministre des Forêts et de la Faune (MINFOF)  et du Ministre de l´Environnement et de la Protection de la Nature  (MINEP).

Par ailleurs, le Ministère en charge des Finances (MINFI) prend une part  active dans le PSFE par son implication à tous les niveaux (central et extérieurs) . Il assure la mise à disposition des fonds nécessaires, tant sur les ressources nationales que sur les ressources issues de l´appui budgétaires accordé par les partenaires au développement, pour la réalisation des activités conformément aux Programmes de Travail Annuel du MINFOF et du MINEP. 

La distribution des responsabilités techniques dans l´exécution de chacune des cinq composantes du programme est définie par une  directive du Premier Ministre, datée du 12 juillet 2005 : 
 
Composante 1 :   MINEP
Composante 2 :   MINFOF
Composante 3 :   MINFOF
Composante 4 :   MINFOF
Composante 5 :   MINFOF